| 部署 | 電話番号 | メールアドレス |
| （市外局番0966） |
| 水俣市役所代表 | 63-1111 | info@city.minamata.lg.jp |
| 総務企画部 | 市長公室 | 秘書広報係 | 61-1600（秘書） | hisyo@city.minamata.lg.jp |
| 61-1655（広報） |
| 政策調整係 | 61-1657 | seisaku@city.minamata.lg.jp |
| 危機管理防災課 | 防災対策係 | 61-1604 | bousai@city.minamata.lg.jp |
| 総務課 | 職員係 | 61-1603 | so-mu@city.minamata.lg.jp |
| 行政管理室 | 61-1603 |
| 情報政策係 | 61-1648 |
| 地域振興課 | 地域振興係 | 61-1606 | kikaku@city.minamata.lg.jp |
| 61-1607 |
| 水俣環境アカデミア | 84-9711 | academia@city.minamata.lg.jp |
| 財政課 | 財政係 | 61-1608 | zaisei@city.minamata.lg.jp |
| 契約施設マネジメント室 | 61-1605 |
| 61-1653 |
| 税務課 | 市民税係 | 61-1610 | zeimu@city.minamata.lg.jp |
| 固定資産税係 | 61-1620 |
| 収納対策室 | 61-1630 |
| 福祉環境部 | 市民課 | 戸籍住民係 | 61-1611 | simin@city.minamata.lg.jp |
| 年金医療保険係 | 61-1622 |
| 61-1633 |
| 環境課 | 環境もやい推進係 | 61-1612 | kankyo@city.minamata.lg.jp |
| 環境衛生係 | 61-1613 |
| 環境クリーンセンター | 62-4101 | clean-c@city.minamata.lg.jp |
| 水俣病資料館 | 62-2621 | mimuseum@eos.ocn.ne.jp |
| いきいき健康課 | 健康推進室 | 63-3202 | kenko@city.minamata.lg.jp |
| 高齢介護支援室 | 63-3051 |
| 福祉課 | 総務係 | 61-1640 | fukusi@city.minamata.lg.jp |
| 福祉支援係 | 61-1650 |
| 生活支援係 | 61-1670 |
| こども子育て課 | こども家庭センター | 63-2738 | kodomo@city.minamata.lg.jp |
| 子育て支援係 | 61-1660 |
| 産業建設部 | 経済観光戦略課 | 経済振興室 | 61-1628 | keizai@city.minamata.lg.jp |
| 観光交流推進係 | 61-1629 | shoko@city.minamata.lg.jp |
| スポーツ推進課 | スポーツ交流推進室 | 83-9700 | sports@city.minamata.lg.jp |
| 農林水産課 | 農業振興室 | 61-1634 | norin@city.minamata.lg.jp |
| 林務水産土木室 | 61-1631 |
| 61-1632 |
| 61-1635 |
| 土木課 | 道路河川整備室 | 61-1624 | doboku@city.minamata.lg.jp |
| 道路公園管理室 | 61-1623 |
| 61-1625 |
| 都市計画課 | 都市計画室 | 61-1618 | tosi@city.minamata.lg.jp |
| 市営住宅係 | 61-1621 |
| 会計管理者 | 会計課 | 会計係 | 61-1615 | kaikei@city.minamata.lg.jp |
| 上下水道局 | 給水総務管理室 | 63-2604（給水） | jogesomu@crest.ocn.ne.jp |
| 61-1627（総務） |
| 水道工務管理室 | 63-2234 | jogekomu@city.minamata.lg.jp |
| 下水道工務係 | 61-1626 |
| 教育委員会事務局 | 教育課 | 学校教育室 | 61-1636 | kyoiku@city.minamata.lg.jp |
| 61-1637 |
| 61-1638 |
| 学校給食センター | 63-3700 | kyusyoku@city.minamata.lg.jp |
| 生涯学習室 | 61-1659 | syogai@city.minamata.lg.jp |
| 61-1639 |
| 公民館 | 63-8402 |
| 図書館 | 63-8401 |
| 議会事務局 | 総務係 | 61-1661 | gikai@city.minamata.lg.jp |
| 議事係 | 61-1661 |
| 監査事務局 | 61-1614 | kansa@city.minamata.lg.jp |
| 選挙管理委員会事務局 | 61-1641 | senkan@city.minamata.lg.jp |
| 農業委員会事務局 | 61-1617 | nogyo@city.minamata.lg.jp |
| 固定資産評価審査委員会事務局（総務課内） | 61-1603 | so-mu@city.minamata.lg.jp |
| 総合医療センター | 63-2101 | minamata-sic01@ar.wakwak.com |