これは、水俣病の発生によって、犠牲となり亡くなられた方々の慰霊と、環境破壊に対する反省と環境再生への誓いを込めて、全市民で祈りを捧げることを目的としています。
式典には、患者・遺族をはじめ、環境大臣・熊本県知事・国県関係機関代表・チッソ代表や多くの市民が参加し、犠牲者へ哀悼の意を捧げるとともに、水俣病教訓の継承と水俣再生の誓いを新たにしています。
平成4年5月1日 ： 水俣湾埋立地にて「第1回水俣病犠牲者慰霊式」開催
平成9～17年度 ： 水俣メモリアルを会場として慰霊式を実施
平成18年度～ ： エコパーク水俣親水緑地「水俣病慰霊の碑」前を会場として慰霊式を実施
令和元年度 ： 5月1日が元号改正日であったため、10月19日に慰霊式を実施
令和2～3年度 ： 新型コロナウイルス感染症拡大防止のため、慰霊式中止
令和4年度 ： 新型コロナウイルス感染症の影響により、規模を縮小し、慰霊式を実施
令和5年度 ： 4年ぶりの通常開催